På tross av at kirken følger tidens og samfunnets utvikling, har den heller ikke vært fri for kontroverser. Den Norske Kirke kan ikke settes i samme lys som eksempelvis meget kontroversielle saker i den katolske kirke, men den har også hatt sine sure vinder.
Spørsmålet om abort
Kirkens grunnleggende holdning til abort, er det som skaper mest splid med store deler av det norske samfunn. Kirken er av den oppfatning at mennesket er skapt i Guds bilde, og at som skapning står derfor mennesket i relasjon til Gud, og dette er uavhengig av hvilket stadium i livsprosessen man er – at derfor har også det ufødte liv krav på både beskyttelse og liv.
Kirken har møtt stor motstand i dette spørsmålet, særlig fra grupper og partier som jobber for kvinnefrigjøring og menneskerettigheter. Kirken ønsker at det heller sørges for gode ordninger for de familier og kvinner som vurderer abort, så som støtteordninger for familier med funksjonshemmede barn og gode samtaler rundt spørsmålet om adopsjon.
Homofili
I likhet med mange a
ndre trossamfunn har Den Norske kirke hatt store utfordringer i spørsmålet om homofili. Siden 1990-tallet har debatten pågått internt i kirken, og det har tatt tid før man har kommet dit man er i dag – hvor både homofile prester godtas og homofile vigsler utføres. Hovedargumentet mot å gjøre denne endringen har vært tolkningen av Bibelen dithen at Bibelen anser likekjønnet omgang som en vederstyggelighet.
Kongehuset
Ved grunnlovsendringen som skilte kirke og stat møtte kirken en liten motbør i det at Kongen, eller regenten, vil være pålagt fortsatt medlemskap i Den Norske Kirke. Å beholde paragraf fire i Grunnloven var det dog ikke kirken som ytret ønske om, men Kongen selv. Det å beholde denne paragrafen møtte ikke kritikk fordi noen ønsket å frata Kongen sin religion, eller å tvinge Kongen til å ikke ta stilling til spørsmål om religiøs tilhørighet, men fordi mange mente at dette hindret et gjennomført skille mellom kirke og stat.